Nella notte tra il 2 e il 3 marzo 2008 venne riesumato il corpo di Padre Pio. Il 6 gennaio 2008 il vescovo Domenico D'Ambrosio aveva infatti annunciato che la salma di San Pio sarebbe stata riesumata ed esposta alla pubblica venerazione in vista del quarantesimo anniversario della sua morte. La sera del 2 marzo si tenne la liturgia dell'esumazione del corpo del Santo che fu presieduta dal Vescovo D'Ambrosio.
In quella occasione prese la parola Frate Aldo Broccaro. 'Questo evento manifesti sempre più il segno della nostra fede nella comunione dei Santi, nella resurrezione della carne e nella vita eterna. La riesumazione del corpo di San Pio, mentre ci fa guardare da vicino le sue spoglie mortali, deve spronarci ad alzare lo sguardo verso la luce della vita di Dio, che in Cristo si è manifestata nella sua morte e Resurrezione'.
La salma fu esposta, fino al 23 settembre 2009, a San Giovanni Rotondo, all'interno di una teca di cristallo costruita appositamente. Il 29 aprile 2010 la salma del Santo è stata poi traslata nella cripta della nuova chiesa di Padre Pio. La cripta venne decorata con mosaici del sacerdote sloveno Marko Ican Rupnik; il soffitto venne ricoperto di foglia d'oro, ricavato dalla fusione degli ex voto.
La tomba del Santo e il suo corpo visibile a tutti è meta di pellegrinaggi da tutto il mondo.
Ancora oggi Padre Pio elargisce il suo aiuto dal Cielo a chi lo venera con Fede.
