Venne più volte bastonato ma non rinunciò a dimostrarsi solidale con i compagni di prigionia. Kolbe in segreto celebrò la messa e continuò il suo impegno di Presbitero.
La fuga di uno dei prigionieri causò una rappresaglia da parte dei nazisti, che selezionarono 10 persone per farle morire nel 'bunker della fame'.
Uno di loro, il polacco Franciszek Gajownczek, scoppiò in lacrime dicendo di avere una famiglia a casa che lo aspettava: Kolbe allora uscì dalle file dei prigionieri e si offrì di morire al suo posto.
Lo scambio, in modo del tutto inaspettato, venne concesso: i gesti di solidarietà non erano di solito accolti con favore.
Kolbe venne pertanto rinchiuso nel bunker.
Dopo due settimane di agonia senza acqua né cibo 6 condannati morirono, ma 4 di loro rimasero vivi e continuavano a pregare con Massimiliano Kolbe.
Kolbe e i suoi compagni vennero uccisi il 14 agosto 1941, vigilia della Festa dell'assunzione di Maria, con una iniezione di acido fenico.
Secondo la testimonianza di Gajowniczek, Padre Kolbe disse all'incaricato che effettuò l'inezione mortale: 'Lei non ha capito nulla della vita.... l'odio non serve a niente.... Solo l'amore crea!'
Le ultime parole di Kolbe, mentre porgeva il braccio furono: 'Ave Maria'.
L'espressione 'Solo l'amore crea' fu ricordata più volte da Paolo VI nel 1971 in occasione della beatificazione di Massimiliano Maria Kolbe.
Franciszek Gajowniczek riuscì a sopravvivere ad Auschwitz.
Tornato a casa, trovò sua moglie viva, ma i suoi due figli erano rimasti uccisi durante un bombardamento russo. Morì nel 1995.
